وزارت جنگ پس از آن‌كه شاه شهيد به رتبهء شهادت رسيد ، نواب اشرف و الا شاهزادهء اعظم كامران ميرزا نايب السلطنه وزير جنگ ، برادر كوچك شاه ، از امور و مشاغل خود استعفا كرد . در عشر آخر صفر المظفر 14 [ 13 ] وزارت جنگ و رياست قشون را به محمد باقر خان شجاع السلطنه دادند و به لقب سردار كل ملقب شد . غيبت موكب همايون از روز هيجدهم ذى القعده تا روز بيست و پنجم ذى الحجه كه شاه به طهران تشريف نياورده بود ، هر روزه از تبريز عرض راه تلگراف دستور العمل به صدراعظم مىنوشت و در اين مدت چهل و سه روز نعش شاه شهيد را در تكيهء دولتى دار الخلافه امانت نهادند و همه نوع تزئينات به سبك فرنگ فراهم نمودند و قاريان هر روزه قرآن مجيد را به آواز بلند مىخواندند و تمام طبقات نوكرها با حضور صدراعظم به آنجا آمده ، فاتحه خواندند و ندبه كردند . وزراى مختار نيز يك روز براى زيارت مرقد مطهر در آنجا حاضر شدند و دسته‌هاى گل به نعشش تقديم داشتند و يك روز تمام ، نظام از صاحبمنصب و تابين و سرباز با موزيك عزا و گريه‌كنان آن مرقد را طواف نمودند . ساير طبقات نوكر هم اين ولوله و آشوب را كه ديدند فرياد را به گريه و ناله برداشتند . در آن روز حالت حزن غريبى به مردم دست داد و در اين مدت چهل و سه روز ، صدراعظم هر روزه در اطاق شمس العماره با حضور وزرا و ساير طبقات نوكر مىنشست و به رسيدگى مشاغل دولت مىپرداخت و اين مدت چهل و سه روز را صدراعظم از عمارت گلستان خارج نشد و نعش شاه يك سال و دو روز در آنجا امانت بود . صورت حكام بلاد و ممالك ايران كه بعضى را شاه در سلطنت خود تغيير داد و بعضى را به حالت اوليه گذاشت فرمانفرمايى آذربايجان را به حضرت وليعهد سپرد . مملكت فارس به جناب ناظم الدوله مرحمت شد . مملكت خراسان و سيستان به حاجى آصف الدوله تفويض شد .